Βασικός στόχος του Προγράμματος είναι η προώθηση ενός καθεστώτος διαφάνειας, λογοδοσίας και ορθής διακυβέρνησης στην κοινωνία των πολιτών.

Προς επίτευξη του στόχου αυτού, οι φορείς υλοποίησης έργων καλούνται να υιοθετήσουν σταδιακά τις βασικές αρχές διαφάνειας, λογοδοσίας και ορθής διακυβέρνησης, όπως αυτές ορίζονται στη Χάρτα Διαφάνειας και Λογοδοσίας των Διεθνών Μη Κυβερνητικών Οργανώσεων (για να κατεβάσετε τη Χάρτα πατήστε εδώ)

Στις βασικές αρχές περιλαμβάνονται ο σεβασμός των ανθρωπίνων δικαιωμάτων και οικουμενικών αξιών, η ανεξαρτησία, η πλήρης διαφάνεια στον τρόπο χρηματοδότησης, η λογοδοσία απέναντι στους κοινωνικούς εταίρους, η πλήρης ενημέρωση για δράσεις και  προγράμματα, η εξάλειψη κάθε μορφής διακρίσεων, η σύνταξη ετήσιων εκθέσεων απολογισμού και ο οικονομικός έλεγχος από ανεξάρτητους, εξωτερικούς ελεγκτές.

Το Ίδρυμα Μποδοσάκη διοργανώνει σεμινάρια «Ενδυνάμωσης Δομών & Ανάπτυξης Ικανοτήτων (Capacity Building)» μέσω του Προγράμματος Ενδυνάμωσης ΜΚΟ στα οποία θα συμμετέχουν όλοι οι φορείς υλοποίησης έργων, μέσω των οποίων επιδιώκεται η υιοθέτηση και εφαρμογή των αρχών της Χάρτας Διαφάνειας. Τα σεμινάρια ξεκίνησαν τον Μάιο του 2015 και θα ολοκληρωθούν τον Δεκέμβριο του 2015.