Το Πρόγραμμα αποσκοπεί στην αντιμετώπιση θεμάτων οριζοντίου ενδιαφέροντος και διατομεακών ζητημάτων καθ’ όλη τη διάρκειά του. Αυτά επηρεάζουν όλες τις πτυχές του Προγράμματος και τις λειτουργίες του και ενσωματώνονται σε όλα τα επίπεδα.

Τα θέματα οριζοντίου ενδιαφέροντος περιλαμβάνουν τη ρητορική μίσους, την αδιαλλαξία και τα εγκλήματα μίσους, τον ρατσισμό και την ξενοφοβία, την ομοφοβία, τον αντισημιτισμό, την ανοχή και τη διαπολιτισμική κατανόηση, τους Ρομά, τη βία κατά των γυναικών, τη σεξουαλική παρενόχληση και τη διακίνηση ανθρώπων (trafficking).

Τα διατομεακά ζητήματα είναι η ορθή διακυβέρνηση, η βιώσιμη ανάπτυξη και η ισότητα των φύλων 

Θέματα οριζοντίου ενδιαφέροντος και διατομεακά ζητήματα περιλαμβάνονται στις προκηρύξεις εκδήλωσης ενδιαφέροντος, στα Έργα, στις συμπληρωματικές δράσεις, στο capacity building, που προσφέρει το Ίδρυμα Μποδοσάκη, και στη Χάρτα Διαφάνειας.